Добрый день.
Цитата: Нашей организации поставщик выставил (точнее, перевыставил) услуги, которые ему выставил другой поставщик (Фактический исполнитель услуги).
Начнем с того, что, перевыставляя услугу, ваш поставщик вам ее не оказал, поэтому у него нет реализации (ст. 39 НК РФ - услуга оказывается одним лицом другому лицу). По сути ваша сделка агентская.
Дальше почитаем ваш договор - по логике, услугу, которую оказывает РЖД, никто другой оказать не может, поэтому в договоре должна быть формулировка о том, что для оказания услуги ваш исполнитель привлекает третьих лиц, а вы обязаны возместить его расходы и выплатить вознаграждение за труды.
Если такой формулировки нет - ну что ж, понимая, что исполнитель не может оказать вам услугу, не стоит подписывать договор. А когда в сделке участвует РЖД все еще сложнее - любой налоговик знает, что они монополисты и никто, кроме них не может оказать их услуги.
Если условие есть, то исполнитель перевыставляет документы в том виде, в котором он их получил от РЖД (и даже от имени РЖД), т.е. с НДС. У себя включает их в журнал СФ, вы - в книгу покупок.