Как подать 3-НДФЛ для получения вычетов, если с суммы дохода свыше 5 миллионов рублей был удержан НДФЛ по ставке 13%?

Здравствуйте!
Сотрудник в 2022 году получил доход > 5 млн.руб. НДФЛ ставка 13% поскольку разные налоговые базы.
В 2022 году была оплата за обучение и лечение.
Как поступисть правильно в этой ситуации?
При заполнении 3-ндфл получается сумма к возврату и к уплате.
Насколько я понимаю, что налоговая ничего возвращать не будет, а в бюджет нужно доплатить разницу. Поскольку к возмещению меньше чем к удержанию.

Или лучше дождаться когда ФНС сделает пересчет налога на основании 2-ндфл, доплатить его, а затем уже подавать 3-ндфл с вычетами.
Спасибо.